清关效率与货物处理特点
空运清关效率通常高于海运，主要因空运货物量较小且多为小件、高价值或时效性强的商品，海关处理速度更快；而海运货物多为大宗商品或耐储物品，清关轮候时间较长。此外，空运货物常要求当天到货当天报关，舱位安排紧凑，而海运流程相对灵活，但需应对港口装卸、仓储等复杂环节。
单证与物权属性差异
海运提单（B/L）是物权凭证，可通过背书转让，而空运提单（AWB）仅为运输合同凭证，不可流通且无物权属性。这一区别直接影响清关时的单证处理方式：海运需严格管理提单流转以确保货权转移，空运则更注重运输时效性，单证操作相对简化。
费用构成与经济性对比
海运清关费用包含关税、港口装卸费、仓储费及代理费等，整体成本较低但隐性费用较多（如拼箱费、港口拥堵附加费）；空运清关费用则侧重按重量或体积计费，附加燃油费、安检费等，虽单价高但流程透明。经济性上，海运适合大批量货物，空运则以时效性弥补成本劣势。
运输时间与适用场景
空运清关后货物通常24小时内完成运输，适合紧急或高价值货物；海运清关虽流程较长（数周至数月），但单次运力大，适合非时效敏感型货物。此外，空运对危险品运输限制更严格，需提前与货运代理详细沟通。
环境影响与政策要求
海运碳足迹显著低于空运，环保压力较小，但可能面临更严格的港口环保审查；空运虽高效，但高能耗特性使其在绿色贸易政策下面临更多限制。两者均需遵守目的地国的特殊清关要求（如食品需卫生许可、设备需进口批文），但空运因流程紧凑更依赖前期单证准确性。
